Выяснил причину - наша программа обновления не работает из за кеша, которые закешировал старый файл, со списком обновлений. В результате, некоторые файлы становятся нулевого размера.
Это не у всех, т.к. кеш у всех свой. Поэтому, если наш апдейтер некоторые файлы делает нулевого размера - значит вам нужно либо подождать, либо обновляться через официальный + ставить поверх патч.