режим электропитания в производительность надеюсь все это время был переключен?
ну и да - в смарте диска надо как правило смотреть параметры reallocated sector count, retry count для read\write, seek error rate, spin retry count и подобные им. если у них значения, отличные от 100 или 0 - к диску начинает приходить в гости серый пушной зверек