Очевидно, что будет хуже. Потому, что речь идет не о считывании МНОГО-мегабайт из одного места в единицу времени (в этом случае HDD >>> CD/DVD), а о считывании МАЛО-килобайт, но из разных мест (именно на перемещение головки HDD теряется время и автор об этом говорил).
У меня другой вопрос - есть ли разница между такими ситуациями:
1. 1 флэшка с папками SysTexrures, Animations и Textures;
2. 3 флэшки и на каждой по папке.
П.С. чисто спортивный интерес