Как вариант решения большинства хотелок мододелов:
1) в апдейтер вшить тулзу модифицирующую оригинальный файл(единственная проблема, хз можно ли реализовать)
2) составить список разрешенных для модификации текстур в каждом файле
3) дать юзеру возможность в апдейтере добавить свои иконки макросов/бафов по типу файл1_текстура1
4) при запуске апдейтера сверять актуальность оригинальных файлов сервера и версии пропатченного файла, патчить файл по необходимости
5) если апдейтером было замечено внешнее вмешательство в файл - сброс файла и применение пункта 4, либо варн, что юзер пытался подменить